При сложной верстке случается что слои перекрывают друг друга. Визуальной прозрачности просто достичь с помощью CSS стилей.
background: none;
или
background: transparent;
Но при этом может возникнуть проблема с событиями мыши. Так в некоторых браузерах верхний слой «не пропускает» клики, либо перемещение курсора в нижний слой, где собственно и находятся обработчики. Одним из вариантов решения задачи может быть дублирование в верхнем слое обработчиков из нижнего. Но это не слишком правильно. Можно указать для слоя стиль
pointer-events: none;
И он станет «прозрачным» для курсора мыши.