В электронном документообороте обычно используются разделенные подписи. Т.е. для каждого документа существует два файла. Первый это XML собственно с документом, а второй это подпись этого основного файла. По формату имя файла с подписью формируется из имени файла документа, путем добавления постфикса SGN и расширения sgn.
Таким образом для файла документа «акт_11_октября_2013.xml» должен существовать файл подписи этого файла с помощью ЭЦП, который будет называться «акт_11_октября_2013SGN.sgn»
Для проверки правильноси подписи можно воспользоваться криптографическим софтом на компьютере, а можно специальными сервисами в интернет.
Например: Сервис от КриптоПро или Проверка ЭЦП на сайте госуслуг
Для проверки нужно загрузить через форму файл документа и файл подписи .sgn. Результат получается мгновенно.